Fakultas Kedokteran Universitas Baiturrahmah berdiri pada tahun1993 dalam bentuk Sekolah Tinggi Kedokteran yang berdiri sendiri dengan Program Studi Kedokteran Umum.  Pada tahun 1994 terbentuklah Universitas Baiturrahmah dan semua sekolah tinggi dibawah naungan Yayasan Pendidikan Baiturrahmah seperti Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi, Sekolah Tinggi Kedokteran Gigi dan Sekolah Tinggi Kedokteran tergabung dalam wadah Universitas Baiturrahmah dan namanya berubah menjadi fakultas.

     Sejak awal berdirinya Fakultas Kedokteran Universitas Baiturrahmah telah menjalin kerjasama dengan baik dengan Fakultas Kedokteran Universitas Andalas terutama dalam proses belajar mengajar yang sebagian besar dosen yang memberi kuliah dan praktikum adalah dosen tetap Fakultas Kedokteran Universitas Andalas dan dari Dinas Kesehatan kota dan propinsi.

     Pada tanggal 4 Oktober 1999 Fakultas Kedokteran telah melaksanakan wisuda perdana bagi para lulusannya sebanyak 29 orang dengan gelar Sarjana Kedokteran (S.Ked). Karena kerjasama dengan Fakultas Kedokteran Universitas Andalas terbatas sampai Program Pendidikan Sarjana Kedokteran, maka sejak tahun 1998 telah dijalin kerjasama dengan Rumah Sakit Dr.Pirngadi di Medan sebagai lahan praktek Kepaniteraan Klinik Senior bagi para Sarjana Kedokteran tadi. Kerjasama ini diperbaharui lagi pada tanggal 22 Februari 2005 untuk jangka waktu 5 tahun. Pada tahun 2010 kerjasama dengan Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Pirngadi diperbaharui lagi untuk 5 tahun kedepan.Saat ini telah ditanda tangani perpanjangan kerjasama selama 3 ( tiga 0 tahun mulai 17 Maret 2017 sampai dengan 15 Maret 2020.

     Pada tanggal 23 Mei 2013 telah dibuat Nota Kesepakatan Bersama antara Rumah Sakit Umum Daerah ( RSUD ) Solok dengan Fakultas Kedokteran Universitas Baiturrahmah Padang Nomor 388/TU-RS/V/2013 Nomor 0425/I.4.Pen/03/05/2013 tentang Pelaksanaan Kepaniteraan Klinik Senior Dokter Muda Fakultas Kedokteran Universitas Baiturrahmah di Rumah Sakit  Umum Daerah Solok sebagai RS pendidikan utama . Kesepakatan kerjasama ini berlaku selama 5 ( lima ) tahun sampai dengan 2018. Pada tanggal 28 April 2015 ditanda tangani kerjasama dengan Dinas Kesehatan Kota Solok untuk pelaksanaan Kepaniteraan Klinik Senior dalam bidang Ilmu Kesehatan Masayarat. Pada tanggal 15 Juni 2015 menjalin Kerjasama dengan Rumah Sakit Umum Daerah dr. Achmad Mochtar Bukittinggi sebagai Rumah Sakit Pendidikan Satelit dan selanjutnya menjalin kerjasama dengan Rumah Sakit Jiwa Prof.H.B Saanin Padang pada tanggal 15 Juni 2015 sebagai afiliasi dari RSUD Solok dalam bidang Kepaniteraan Klinik Senior Ilmu Kesehatan Jiwa.Pada tanggal 19 Desember 2016 telah ditanda tangani Nota Kesepakatan dengan Rumah Sakit Islam Siti Rahmah Padang sebagai RS pendidikan satelit yang berlaku sampai 19 Desember 2019